每年衛生福利部國民健康署公布<兒童健康手冊>,列出寶寶須施打的疫苗,而會被納入公費的疫苗,是政府認為對孩子影響重大的疾病,且用疫苗預防的效果很好,有助於孩子平安健康成長,有些疫苗原本是自費後來納入公費,便是政府考量該疾病影響程度而做的調整,公費疫苗大致上已涵蓋了重要的疾病預防。
至於自費疫苗,通常是為了更加強某些疾病的保護力,家長可以視需求(是否為疾病高危險群或處於易受感染的年齡與環境)跟小兒科醫師討論後,再考慮是否要施打自費疫苗。